תפקידו של האגף למחקר ופיתוח (מו"פ) הוא לקדם את מטרות המשרד באמצעות חדשנות טכנולוגית ומדעית. הפעילות מופנית במיוחד לכיוונים הבאים:

  ·  פיתוח מקורות אנרגיה חלופיים הנמצאים בארץ וטכנולוגיות לניצול יעיל יותר של מקורות האנרגיה המקובלים;

  ·  שמירה ומעקב אחר חזית הידע בנושאי אנרגיה, כדי ליצור תשתית לקליטת טכנולוגיות חדשות, להחדרתן וליישומן.

במסגרת תפקידה, הפעולות העיקריות של לשכת המדען הראשי הן:

    °    קבלת הצעות מחקר ובדיקתן, מימון פרוייקטים ומעקב אחר ביצועם;

    °    יעוץ בקביעת מדיניות בנושאים מדעיים וטכנולוגיים;

    °    קידום שיתוף פעולה בינלאומי.