קשרי הגומלין של אגף מו"פ אנרגיה עם יחידות המשרד:

• לשכת השר/מנכ"ל - ייעוץ מקצועי לקובעי מדיניות משק האנרגיה במשרד התשתיות ובממשלה;
• אגף הכספים – מעורבות בקידום בליווי ובניצול תקציבי המחקרים ;
• מינהל החשמל -  איתור ורישוי אתרים לתחנות כוח המנצלות אנרגיה מקומית ומתחדשת;
• מינהל הדלק – השתתפות בוועדות איכות הדלקים;
• אגף שימור אנרגיה - תמיכה מקצועית;
• הלשכה המשפטית – הכנת חוזי מחקר וסיוע בבעיות משפטיות;
• יחידת חוזים והתקשרויות – תיאום הגשת חוזים לאישור וועדת המכרזים;
• יחידת הכלכלה – סיוע בתכנון תקציב האגף ותיאום ניצולו המיטבי, ניתוחים כלכליים של פרוייקטי אנרגיה מתחדשת.

קשרי הגומלין של האגף עם משרדי ממשלה אחרים ורשויות ממשלתיות:

• משרד החקלאות -  תמיכה משותפת במחקרים לייעול ניצול האנרגיה בחקלאות;
• משרד הבינוי והשיכון –   קידום קוד אנרגיה בבניינים, שיבוסס על מחקרים שבוצעו ומבוצעים בתמיכת המשרד;
• המשרד לאיכות הסביבה –  חקר השפעות סביבתיות של טכנולוגיות אנרגיה; קידום ניצול מקורות אנרגיה מתחדשים;
• משרד המדע והטכנולוגיה -  תאום פעילות מו"פ.  השתתפות בוועדת ההיגוי של קרן מו"פ  אנרגיה עם גרמניה;
• משרד התחבורה –  תמיכה משותפת במו"פ ובקידום השימוש בדלקים תחליפיים בתחבורה, ובכלל זה באוטובוסים חשמליים-היברידיים בתחבורה הציבורית העירונית;
• משרד הפנים – איתור ורישוי האתר לתחנת כוח סולרית גדולה בנגב ;
• משרד התעשייה, המסחר והתעסוקה – תאום פעילות המו"פ, במטרה להביא פרוייקטים מוצלחים לשלב היישום. 
• הרשות לשירותים ציבוריים - חשמל - תמיכה מקצועית בנושא מחירי חשמל ממקורות אנרגיה מתחדשים;
• מכון התקנים – קידום הצעה לתקן לציון אנרגטי של דירות;
• ISERD – השתתפות בוועדת ההיגוי בתחום האנרגיה של תכנית המו"פ ה-6.