העלות השוטפת תמומן ברובה מתקציב המדינה. את יתרת התקציב יגייס המינהל מעבודות ניטור ומחקרים חיצוניים.

במסגרת המינהל פועלים כיום  שלושה מכוני מחקר:

המינהל אמון על קיום תשתית מדעית בנושאים הבאים:

1. הערכת פוטנציאל אוצרות הטבע בישראל במובנם הרחב וסיוע בניצול בר קיימא: 

 א. ניצול ושימור מקורות מים. 

 ב. סיוע בחיפוש וניצול הידרוקרבונים. 

 ג. סיוע בהקפה וינצול חומרי גלם לבניה וסלילה. 

 ד. סיוע בפרויקטים סביבתיים/אזוריים וקביעת מדיניות. 

2. הכרת הגיאולוגיה, האוקיאנוגרפיה והלימנולוגיה של ישראל ובסביבותיה: 

 א. ניצול מדף היבשת. 

 ב. מימשק חופים. 

 ג. מימשק הכנרת. 

 ד. מימשק ים המלח. 

 ה. בנית איים מלאכותיים. 

3. צמצום נזקי רעידות אדמה: 

 א. גיבוי מקצועי לתקן 413. 

 ב. סיוע לוועדה הבין משרדית למניעת נזקי רעידות אדמה.  

 ג. תגובות אתר ושברים פעילים. 

4. השתתפות בתכנון פרויקטים לאומיים ואזוריים. 

5. פיתוח ענף החקלאות הימית בדגש על מניעת זהום מפרץ אילת: 

 א. לימוד התופעות הקשורות לירידת מפלס ים המלח וקביעת מסמך מדיניות סביבתית. 

 ב. מימשק מפרץ אילת. 

6. אחזקה ופיתוח של אמצעים מחקריים ובהם: 

 א. מערך כימי-אנליטי משוכלל במכון הגיאולוגי. 

 ב. מערך ניטור רעידות אדמה במכון הגיאופיסי. 

 ג. תשתית גיאופיסית כולל מיכשור במכון הגיאופיסי. 

 ד. תשתית מחקר אוקיאנוגרפית ולימנולוגית כולל ספינות בחקר ימים ואגמים. 

7. כניסה לתחומים חדשים במדעי האדמה, והעמדת אמצעים אלה לרשות המגזר הפרטי והתעשיה.