הטיפול בשפכים וסילוקו מתחום היישוב הנם באחריות הרשויות המוניציפליות. הסדרת הביוב בתחומה של רשות מוניציפלית מעוגנת בחוק הרשויות המקומיות (ביוב) ובחקיקת עזר של הרשות. ממשלת ישראל בקביעתה כי יש להסדיר את מערך הביוב הארצי הביאה לכך שכל תחום פיתוח תשתיות הביוב בעיקר מערכות העל: מאספים ומכוני טיהור שפכים ירוכז בידי גורם ממשלתי אחד. לשם כך הוקם המנהל לפיתוח תשתיות ביוב.

המינהל לפיתוח תשתיות ביוב (המילת"ב), פועל כיחידה אורגנית במשרד התשתיות הלאומיות, ומשמש כזרוע ליישום מדיניות הממשלה בתחום פיתוח תשתיות הביוב במשק. באמצעות המילת"ב משקיעה מדינת ישראל סכום של כ- 450 מיליון ₪ בשנה בתחום הביוב, הן בהקמת תשתיות חדשות והן בשיקום ושדרוג תשתיות קיימות.

תקציבי המינהל לפיתוח תשתיות ניתנים לרשויות המקומיות לצורך פיתוח תשתיות הביוב והטיפול בשפכים. רוב התקציב ניתן בדרך של הלוואות מסובסדות לטווח ארוך וחלקו במענקים, על-פי החלטות ממשלה. 

לשם ביצוע משימות אלה מאפשרת הממשלה סיוע מיוחד לרשויות המקומיות לצורך מימון הקמת מערכות עתירות השקעה. הסיוע ניתן לרשויות בהלוואות בתנאים מסובסדים:

1. הלוואה במלוא סכום הפרוייקט.
2. תקופת פרעון ההלוואה - 20 שנים.
3. ריבית בשיעור 5%. 

המנהל לפיתוח תשתיות ביוב, כזרוע של משרד התשתיות הלאומיות פועל ליישום מדיניות הממשלה בכל הנוגע להסדרת מערך הביוב וליצירת מקור מים, כמשאב חלופי להשבה ולשימוש חוזר למטרות השונות תוך חסכון במים שפירים.

המועצה הארצית לתכנון ובניה אישרה את תמ"א 34 (ביוב) כתוכנית המתאר הארצית להקמת מכוני טיהור. התוכנית מתווה פתרונות מערכתיים, על בסיס מתקנים אזוריים מרכזיים, השותפים למספר יישובים בממשק ישיר עם משק המים למיצוי מלוא פוטנציאל הקולחים. תמ"א 34 משמרת שטחים להקמת מכוני הטיהור, מאגרי קולחים ומובלי קולחים ומגדירה הנחיות כלליות לתכנון.

טיפול בשפכים לרמת איכות גבוהה תאפשר הרחבת היצע הקולחים לשימושים שונים, ביניהם:

1. השבת קולחים לחקלאות.
2. השבת קולחים לגינון עירוני.
3. השבת קולחים לתעשיה ולייצור חשמל. 

טיהור השפכים וניצולם המלא יביא להפסקת המטרדים תוך שמירה על בריאות הציבור והסביבה, וכן ליצירת משאב חיוני למשק המים. הסדרת תחום הביוב מהווה נדבך חשוב בפיתוח בר קיימא, לסביבה נקיה יותר ופחות מזוהמת.

כגוף מטה, המוביל כאמור מטעם הממשלה את הפיתוח והליווי של תחום הביוב והטיפול בשפכים, רואה המילת"ב את הראיה האינטגרטיבית של הנושא, תוך שהוא מביא בחשבון את השיקולים ברמה הלאומית והכלל מערכתית. בתוך כך הוא משמש כגורם המרכז את מעורבותם של הגופים הממשלתיים / ציבוריים הרלוונטיים לתחום, כגון: משרד האוצר, המשרד להגנת הסביבה, משרד הפנים, משרד הבריאות, נציבות המים, ארגונים ירוקים וכו', הנוטלים חלק פעיל וקבוע בוועדות המילת"ב לאישור תוכניות הפיתוח המוגשות אליו, בכלל זה, תיאום עם גורמי מערכת הביטחון וגורמי התעשייה השונים למקסום פתרונות הקצה ברמה האיזורית.

תחומי הפעילות במינהל לפיתוח תשתיות ביוב :

1. גיבוש מדיניות הטיפול בשפכים בארץ, הנגזרת מהמדיניות הכוללת של המשרד לתשתיות לאומיות ומשק המים. יישום הלכה למעשה של החלטות הממשלה לסיוע במענקים למגזרים השונים.
2. מתן הנחיות מקצועיות כלליות למתכננים בכל הנוגע לתכנון ההנדסי של מערכות ההולכה והשאיבה.
3. מתן הנחיות לרשויות ולמתכננים בכל הנוגע לפתרונות הקצה, בהתאם לראיה אזורית כוללת ובהתאם לתמ"א 34 (ביוב).
4. מתן מידע מעודכן למתכננים בכל הנוגע לשיטות טיהור השפכים והטכנולוגיות הידועות בארץ ובעולם.
5. בחינת חלופות שונות לביצוע פרויקטים תוך בחינה השוואתית של הכדאיות הכלכלית-הנדסית.
6. בחינת תוכניות, תכנון כללי, על בסיס תוכניות אב בתוקף. התוכניות נדונות בועדות השיפוט (ועדה מקצועית בין-משרדית).
7. מתן הלוואות לרשויות המקומיות, על פי אישור ועדת ההשקעות (בהשתתפות משרד האוצר ומשרד הפנים, בראשות מנכ"ל משרד התשתיות הלאומיות).
8. בחינת התכנון המפורט ומסמכי המכרז של כל פרויקט ופרויקט.
9. ליווי מקצועי ופיקוח על, למשך תקופת הפרויקט מראשיתו ועד מסירתו.
10. מתן חוות דעת מקצועית והכנת ניירות עמדה לגורמי המשרד, בהתאם לצורך.
11. ייצוג המשרד (בתחום הביוב) בועדות ובפורומים בין-משרדים, בוועדות שרים ובוועדות הכנסת.